10/12/2003 tarihli ve 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile kamu idareleri bünyesinde iç denetim sisteminin kurulması öngörülmüş ve bu çerçevede Bakanlığımızda İç Denetim Başkanlığı kurulmuş, mülga Müsteşarlık Makamının 09.03.2009 tarihli ve 74 sayılı Onayı ile İç Denetim Başkanı görevlendirilmiş, İç Denetim Yönergesi ve Denetim Rehberi hazırlanarak Başkanlığımızın idari ve teknik altyapısının oluşturulması çalışmaları 2009 yılında tamamlanmıştır.
İç Denetim Başkanlığında halen 27 İç Denetçi görev yapmaktadır.